Ở vòng bảng UEFA Champions League 1998-99, Bayern đánh bại Barca ở cả hai trận đấu, trên đường để hướng đến trận chung kết được tổ chức tại Camp Nou nơi họ thua trước Manchester United, để cho United hoàn tất cú ăn ba lục địa (Manchester United cũng ở cùng bảng đấu, hòa tất cả các trận đấu của họ trước Bayern và Barca).

Bayern và Barca đã gặp nhau ở 4 cặp đấu loại trực tiếp kể từ UEFA Champions League 2008-09, ghi được 26 bàn trước trận đấu này. Điều thú vị là mỗi lần đội chiến thắng của cặp đấu loại trực tiếp Bayern-Barca không những chỉ vô địch UEFA Champions League, mà còn hoàn tất cú ăn ba lục địa, điều đã xảy ra vào năm 2009, 2013, 2015, và 2020. Thomas Müller của Bayern là cầu thủ dự bị vào năm 2009, nhưng ra sân từ đầu ở tất cả các trận đấu Bayern-Barca sau đó.

Barcelona thắng với tổng tỷ số 5–1 ở vòng tứ kết UEFA Champions League 2008-09. Barca thắng 4–0 tại Camp Nou ở trận lượt đi, với tất cả bàn thắng được ghi ở hiệp một, khiến cho chủ tịch Bayern Munich Franz Beckenbauer nhận xét "Những gì tôi thấy trong hiệp một, chắc chắn là thứ bóng đá tồi tệ nhất trong lịch sử của Bayern". Huấn luyện viên Barca Pep Guardiola bị đuổi khỏi sân ở trận lượt đi vì phản đối chiếc thẻ vàng dành cho Lionel Messi, và phải xem trận lượt về từ khán đài.[4][5][6] Thất bại này cùng với trận thua 5–1 trước đó trong trận đấu Bundesliga đã dẫn đến việc sa thải huấn luyện viên Bayern Jürgen Klinsmann.[7]

Vòng bán kết của mùa giải 2012-13 chứng kiến Arjen Robben và Thomas Müller truyền cảm hứng cho Bayern đến chiến thắng với tổng tỷ số 7–0, bao gồm chiến thắng 3–0 tại Camp Nou[8][9] mà cho đến nay, là thất bại sân nhà cuối cùng của Barcelona ở đấu trường châu Âu.

Vòng bán kết của mùa giải 2014-15 chứng kiến Lionel Messi và Neymar là những cầu thủ chủ chốt trong chiến thắng với tổng tỷ số 5–3 trước Bayern, chiến thắng 3–0 ở Camp Nou và sau đó là thất bại 3–2 tại Allianz Arena.[10][11] Huấn luyện viên Bayern tại thời điểm đó là Pep Guardiola, người mà trước đó đã dẫn dắt Barca từ 2008 đến 2012, bao gồm trận tứ kết Champions League 2008-09 trước Bayern.